Les ninjutsu peuvent être généralement classés en 5 catégories, chacune correspondant à un élément : le feu (katon), le vent (fuuton), l'eau (suiton), la terre (doton), et la foudre (raiton). De plus, un ninja possédant plusieurs affinités peut les combiner donnant lieu à d'autres types d'éléments :
1. Suiton + Fuuton donne Hyoton (la glace) Technique utilisée par Haku
2. Suiton + Doton donne Mokuton (le bois) Technique utilisée par le premier hokage et Yamato
3. etc.
Certaines techniques n'entrent néanmoins pas dans ce système, elles peuvent être maitrisées par n'importe quel ninja, quelle que soit son affinité.